Uma das novidades do System Center Technical Preview 2 é no Virtual Machine Manager que agora integra as VMs que você tem no Azure, o que nos deixaria orfão com o fim do AppController.
Para isso basta ir no console em Azure Subscriptions e inserir as assinaturas.
Para encontrar as assinaturas no painel web do Azure e copiar o ID da assinatura e baixar o certificado de gerenciamento que fica na aba de settings, como a imagem abaixo:
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Multiplas assinaturas podem ser adicionadas no VMM:

Automaticamente o VMM irá popular a lista das VMs de cada assinatura, integrando a visualização:

A partir da integração é possivel gerar relatórios, ver as configurações, iniciar e parar VMs e automatizar com Orchestrator.
Ainda existem limitações, por exemplo não é possivel criar VMs no console do VMM o que espero ser possivel quando houver o lançamento do System Center 2016.