Hoje presenciei um técnico desesperado porque alguem conectou no Server Core e fechou o Command Prompt.
Pode parecer algo bobo, mas realmente é complicado quando fazem isso.
Mas existe um jeito fácil de resolver o problema, o comando pouco conhecido LOGOFF. Exemplo:
Logoff 1 /Server:W2K8Core
Onde o numero 1 é o numero da sessão, sendo que 0 (zero) é o console e os remotos são 1 e 2.
Pronto, agora basta logar novamente e abrirá o command prompt.